Guomindangregeringen tog sin tillflykt till ön Taiwan i Östkinesiska havet; med sig dit tog de hela den kinesiska statens guldreserv, samt stora delar av landets kulturarv i form av de kejserliga samlingarna från Förbjudna staden i Peking (dessa förvaras nu i Nationella palatsmuseet i Taipei). I Taibei, öns största stad, upprättade man en exilregering, som en fortsättning på Republiken Kinas regering. Under sina första decennier i exil upprätthöll regeringen en mycket stor stående armé, i avsikt att invadera fastlandet och återta regeringsmakten där. Guomindangregeringen i Taipei erkändes av Förenta nationerna som hela Kinas lagliga regering fram till 1972. Formellt är de två rivaliserande kinesiska staterna Folkrepubliken Kina och Republiken Kina (Taiwan) fortfarande i krig. Det råder dock vapenvila mellan de båda de facto-staterna, vilka indirekt bedriver omfattande handel med varandra, främst via det kinesiska territoriet Hongkong.